به گزارش سایت رسمی فدراسیون فوتبال و به نقل از سایت سازمان لیگ، مراسم قرعه کشی مسابقات لیگ قهرمانی نونهالان باشگاه های کشور در فصل ۹۹-۹۸ در محل سازمان لیگ فوتبال و با حضورسرپرستان ونمایندگان باشگاه ها و همچنین مسئولان سازمان لیگ و کمیته جوانان فدراسیون فوتبال برگزار شد.
با توجه به مسابقات فصول قبل این دوره از مسابقات نیز به صورت منطقه ایی ولی در ۴ گروه قرعه کشی گردید که تمامی موارد با موافقت و تایید باشگاه های حاضر صورت پذیرفت.
مسابقات در ۴ گروه طبق جدول ذیل قرعه کشی شد که در نهایت بعد از انجام بازی ها به صورت رفت و برگشت در مرحله اول تیم های اول ودوم به مرحله بعد صعود کرده و مسابقات را در مرحله بعد که به صورت مجتمع است انجام داده و در نهایت ۴ تیم به مرحله پایان جهت کسب مقام اول تا سوم صعود می کنند.
تیم ها بعد از مرحله اول مسابقات به صورت ضربدری و در گروه بندی برای مسابقات مرحله دوم قرار می گیرند.
-از هر گروه یک تیم به مسابقات مناطق فصل ۱۴۰۰-۱۳۹۹ سقوط می کنند.
-مقرر شد که در مسابقات باهماهنگی با کمیته جوانان استعداد یاب اعزام و داوران با تجربه و متناسب با سن و رده مسابقاتی اعزام می گردند.
گروه بندی تیم ها به شرح زیر است:
گروه یک: البدر بندر کنگ، نماینده یزد( ایرانمهر باباخانی)، نوژن اصفهان، پارس برازجان( انضباطی)، نوین فولاد یزد، حافظ شیراز، مس کرمان
گروه دو: عقاب زاگرس کرمانشاه، سپاهان اصفهان، آریان اهواز، استقلال بوشهر، فولاد خوزستان، خلیج فارس شیراز، صبای رامشیر
گروه سه: شهرداری اردبیل، مهدیه تبریز، ملوان بندرانزلی، کیا تهران، دبیری تبریز، شهرداری رشت، ماشین سازی تبریز، متین بابل
گروه چهار: سپاهان گرگان، علم و اخلاق مشهد، کاپیتان آمل،استیل البرز آق قلا، پیشگامان مشهد، شاهین آمل، ذوب آهن نسل جوان مشهد و پدیده ساری
